Λίγο μετά την έναρξη λειτουργίας των εργαστηρίων, το 1869, εκτάσεις του νησιού άρχισαν να «αξιοποιούνται» και ως τόπος μαζικής ταφής ανθρώπων αγνώστου ταυτότητας, τις σορούς των οποίων δεν είχαν διεκδικήσει συγγενικά πρόσωπα ή δεν είχαν χρήματα για ιδιωτική κηδεία, άστεγοι, άποροι, επαίτες αλλά και θύματα μεταδοτικών ασθενειών.
Μέχρι σήμερα εκτιμάται πως στο νησί έχουν ταφεί περί το 1.000.000 άνθρωποι και περίπου 69.000 μόνο από το 1980 έως σήμερα.
Επίσης από το 1869 ξεκίνησε η μακάβρια παράδοση το έργο του ενταφιασμού να περατώνεται από κρατούμενους σωφρονιστικών καταστημάτων. Τότε με το συγκεκριμένο έργο είχαν επιφορτιστεί οι κρατούμενοι από το Μπλάκγουελ. Ταξίδεψαν με πλοίο, μαζί με τις σορούς των ανθρώπων που θα ενταφίαζαν και οι οποίες είχαν παραληφθεί από το νεκροτομείο νοσοκομείου του Μπέλβιου.
Μέχρι και σήμερα, κρατούμενοι των φυλακών της Νήσου Ράικερ (Riker Island) ταξιδεύουν με πλοίο προς τη Νήσο Χάρτ, σε εβδομαδιαία συνήθως βάση, μαζί με τους νεκρούς.
Οι μαζικοί ενταφιασμοί, όπως αναφέρει η ιστοσελίδα The Island Hart Project ξεκίνησαν το 1875 και τότε εφαρμόστηκε για πρώτη φορά ένα σύστημα αρίθμησης και ταξινόμησης των σορών προκειμένου, να υπάρχει δυνατότητα ταυτοποίησης σε μελλοντικό χρόνο. Σήμερα, οι σοροί των περισσότερων ανθρώπων που έχουν ταφεί στο νησί, έχουν ταυτοποιηθεί.
Στο μεταξύ παράλληλα με τους ενταφιασμούς το νησί έχει αξιοποιηθεί κατά καιρούς και για πολλές ακόμη λειτουργίες. Έχει φιλοξενήσει ψυχιατρικά ιδρύματα, σανατόρια για ασθενείς με φυματίωση, κέντρο αστέγων, αναμορφωτήριο, φυλακή, κέντρα αποτοξίνωσης τοξικομανών.
Αναζήτηση των χαμένων αγαπημένων
Τον Νοέμβριο του 1991, ο Τζόελ Στέρνφελντ και η Μελίντα Χαντ έλαβαν άδεια να τραβήξουν φωτογραφίες στο νησί, περιλαμβανομένων και των ενταφιασμών που γίνονταν σε αυτό από κρατούμενος. Το project είχε διάρκεια τριών ετών και προς το τέλος, ενώ ετοιμαζόταν η έκδοση του λευκώματος, μια γυναίκα η Βίκι Πάβια ζήτησε να μεταβεί μαζί τους στο νησί για και να επισκεφθεί τον τάφο του μωρού της. Της μικρής Ντενίς.
Είκοσι χρόνια αργότερα, γυναίκες που ήθελαν επίσης να επισκεφθούν τον τάφο των παιδιών τους έπρεπε να υποβάλλουν σχετικό αίτημα μέσο δικηγόρου ενώ οι χρήση καμερών απαγορεύτηκε.
Το Hart Island Project για να βοηθήσει αυτές τις γυναίκες να έχουν πρόσβαση στο νησί και να επισκεφθούν τους τάφους αγαπημένων τους άρχισε να συνεργάζεται με εθελοντές δικηγόρους ενώ οι πιέσεις που ασκήθηκαν οδήγησαν στην χαλάρωση των περιορισμών για όσους είχαν σοβαρούς λόγους να επισκεφθούν το νησί ενώ το 2015 ο Δήμος της Νέας Υόρκης αναγκάστηκε να συμβιβαστεί μετά την μαζική αγωγή σε βάρος της από συγγενείς ανθρώπων που είχαν ταφεί στο νησί και τελικά δόθηκε άδεια επισκέψεων στο νησί, για ένα Σαββατοκύριακο κάθε μήνα.
